Com a inauguração do Núcleo Visigótico do Museu Regional de Beja na Igreja de Santo Amaro concretizou-se uma aspiração, velha de mais de 40 anos, de vários especialistas, estudiosos e de muitos bejenses, entre os quais é justo salientar o nome de Abel Viana que, já em 1949, defendia que a Igreja de Santo Amaro deveria albergar o Museu Visigótico da cidade.

O projecto museográfico deste núcleo teve como objectivos recuperar o espaço interior da Igreja de Santo Amaro, um dos mais significativos de Beja do ponto de vista histórico-arquitectónico, e expor a colecção visigótica do Museu de forma sistematizada, estabelecendo uma integração entre o conjunto das peças e o espaço vestigial da antiga basílica paleo-cristã. 

A Igreja de Santo Amaro
A Igreja de Santo Amaro assenta sobre uma necrópole romana, paleo-cristã e medieval que se estenderia, fora das portas da cidade, ao longo da via para o Norte. O primeiro orago teria sido Santiago, antes do século XVI. A capela é conhecida por Senhora da Graça durante o século XVII e por Santo Amaro nos tempos mais recentes.

Teria havido neste mesmo local uma ou mais edificações anteriores; porém, o que hoje nos resta em volumetria arquitectónica é uma igreja praticamente construída de raiz em finais do século XV - princípios do XVI.             

Em meados do século XVI são construídas as duas capelas ainda hoje adossadas à  colateral sul e, em finais dessa centúria ou inícios da seguinte, é acrescida à colateral norte uma outra capela funerária. Obras do século XVIII modificaram profundamente a fachada ocidental, dando-lhe o aspecto que hoje ostenta. São também nessa altura alterados os alçados da cabeceira. Como elementos arquitectónicos anteriores às obras quinhentistas temos a destacar, provavelmente, a pequena meia-calote no topo da ábside central e, principalmente, as colunas que suportam as duas fiadas de arcos formeiros. Os capitéis e os ábacos, tradicionalmente considerados de época visigótica - e a cuja tradição pertencem indubitavelmente - não serão anteriores ao século IX.